1990年11月，李光耀卸任总理一职，于次年任新加坡总理公署高级部长；1997年任内阁资政，2001年11月连任。
2011年5月，年近九旬的李光耀发表联合声明，宣布他不会在新一届内阁中担任职位。
李光耀重视并致力于发展同中国的友好关系。1976年以来，他曾多次访问中国。2005年5月被复旦大学授予名誉博士学位。2006年5月、2007年11月访华。2008年8月来华参加第29届奥运会开幕式及相关活动。2008年10月访问中国。2010年5月访问中国。
李光耀与妻子育有两子一女，其长子李显龙为新加坡现任总理。
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